保税区的功能 是保税仓储， 出口加工， 转口贸易。
而综合保税区 除了一般保税区的功能， 它是集出口加工区，保税物流区，港口的功能于一身，可以发展中转，配送，采购， 转口贸易和出口加工等业务。
综合保税区是在保税区之后出现的，其功能延续了保税区的特点，但又与其有不同之处。
保税区和综合保税区均是基于“两头在外”的特殊区域设立的。
保税区实行“离境退税政策”，综合保税区实行“入区退税”政策。
根据《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务税和消费税政策的通知》（ 2012（39） 号）规定， 出口企业经海关进入国家批准的出口加工区， 保税物流园区， 保税港区，综合保税区， 珠澳跨境工业区（珠海园区），中哈霍尔果斯边境合作中心（中方配套区域），保税物流中心（B 型）（以下统称特殊区域）并销售给特殊区域内单位或境外单位，个人的出口货物，应视同出口,实行“入区退税”政策，可以直接申报出口退（免）税， 无须提供货物的出境备案清单。 也就是 出口企业将货物运送至上述7 类特殊区域后，无论是在区内进行销售，还是出口至境外，都可以申请出口退（免）税。
保税区不在上述7 类特殊区域范围内，这也就意味着进入保税区的货物不能视同出口， 不享受“入区退税”政策， 而是要到实际离境时，才能按照出口货物申请出口退（免）税。
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