保税港、保税区、综合保税区虽然都“保税”，但是它们毕竟还是不同的经济区域，从功能、运作、税收等方面都有明细区别。
保税港、保税区的区别：
对于保税港、保税区来说：从形态上讲，保税港区是保税区的gaoji形态，从功能上讲，保税港区叠加了保税区、出口加工区、保税物流园区各项功能政策。从发展趋向上讲，保税港区是未来我国建设自由贸易区的先行试验区，从运作模式上讲，保税港区实现了保税区域与港口的实质联动。
对于保税港、综合保税区来说，在最初成立的时候，它们在地域和功能上有一定的区别，但随着综合保税区的完善发展，二者在业务功能上越来越趋同，基本上只有地域区别了。
对于保税区、综合保税区来说：保税区级别低于综合保税区，两者之间最大的区别主要提现在保税区是进口入区保税、国内产品入区不退税，离境退税。综合保税区是进口入区保，国内产品入区即退税。
尤其是综合保税区：集保税区、出口加工区、保税物流园区、港口功能于一身，从税收上采取下面政策：国外货物入区保税；货物出区进入国内销售按货物进口的有关规定办理报关手续，并按货物实际状态征税；国内货物入区视同出口，实行退税；区内可设厂进行出口加工，区内企业之间的货物可自由流动，交易不征增值税和消费税等。
综合保税区成功运作的发展模式主要有以下三种：
一依托“虚拟空港”和“海港”，实现“区港联动、海路联运”，主要功能为口岸作业、保税物流、保税加工、国际贸易、采购分销、金融服务、检测维修、展示展览。
二以保税加工和保税物流为核心，主要功能为出口加工、保税物流、港口，在价值曲线上，不仅有低端的加工，还有高端的研发和结算。
三综合保税区与保税港区护卫补充，错位布局，主要功能为仓储物流、对外贸易、国际采购、分销和配送、国际中转、售后服务、商品展示，研发、加工、制造作业。
进出口商品方面提现出来的特点和优势是：
1、海关对进出境通关采用国际通行做法，实行申报、代理申报、信誉放行、特殊紧急情况先放行后补办手续等灵活简便做法，提供通关速度。实现进口货物、快件直通关。出入境检验检验接受24小时报检，接受电话、传真及计算机联网后的网上报检。
2、在进出境贸易方面，区内企业可以从事进出境贸易、转口贸易、国际贸易。区内与境外间进出口的货物，海关实行免税或保税政策，并实行备案制，不实行进出口配额、许可证管理，贸易企业从区外购进货物出口离境的，可办理出口退税。
3、在出口加工方面，区内加工贸易企业不实行分类管理、不设银行保证金台账；产品区内销售或出口，免征生产环节增值税；加工出口产品入区的料、件免征关税、增值税、消费税，免领进出口许可证；境外入区的料、件加工周期不受时间限制；经批准，区内企业可在区外进行部分工序性加工；利用国内原料、零部件加工产品离境后，国内原材料部分可享受出口退税。
