1.保税区内包装，分拣，简单加工增值服务。贸易商国内采购货物进保税区集中仓储、包装、分拣、分拨再出口国外； 国际采购货物保税区仓储，利用保税区免税功能保税仓储，代替香港仓库节省仓储费和便利的人员出入仓对货物进行清点和分装； 除国家禁止进出口的商品外，园区内可保税储存各种贸易方式的进出口货物及其他未办结海关手续的 货物。包括国内货物出口退税入仓分批转厂进口的转厂服务、保税区集拼分拣、包装出口境外，国际进口货物仓储分销。
2.国际转口贸易：保税区开展转口贸易货物仓储、分拣、分销、包装、刷唛、贴标、或者分批征税进口。例如美国出口的货物到坪山保税区卸货仓储，分拣，包装然后部分进口到国内，部分出到东南亚国家。
3.办理出口货物退运，保税区对出口到国外的货物因质量问题需要办理退运返工维修的，可以退到保税区，利用保税区境内关外的特殊性质，免征关税。保税区进行仓储维修。
4.人区退税：深圳出口加工区具有入区退税政策，国内货物进入保税区视同出口，办理出口报关手续，即可享受退税。 保税区一日游报关，解决加工贸易企业国内采购原材料免税进口目的。 解决两个加工贸易企业之间深加工结转转出方部分国内采购料件无法退税问题。
